Você pode fazer a compensação de contas a pagar utilizando contas a receber do mesmo cliente
Para isso, você precisa acessar:
Módulo Financeiro > Contas a Pagar > Opções > Compensar
Ao compensar uma conta, o sistema vai gerar uma nova fatura de conta a pagar subtraindo o valor da conta a receber selecionada para compensação
Referência: https://revendax.scrollhelp.site/basedeconhecimento/compensar-contas